Synopsis: In de eerste film ontsnapten onze vrienden Alex de Leeuw, Marty de Zebra, Melman de Giraffe en Gloria het Nijlpaard uit Central Park Zoo in New York en belandden op het eiland Madagascar. De vier vrienden proberen dit keer in een oud neergestort vliegtuig, dat de pinguïns zogenaamd hebben gerepareerd, terug te keren naar huis. Eenmaal in de lucht gaat het helemaal mis: ze komen terecht in een natuurreservaat in Afrika. Hier komen de dieren - die in de dierentuin zijn opgegroeid – voor het eerst hun soortgenoten in het wild tegen. Alex vindt hier zelfs zijn ouders! De vier ontdekken al snel de verschillen tussen de jungle en de Afrikaanse vlaktes. Afrika lijkt fantastisch, maar is het leuker dan Central Park?